I vantaggi rispetto alla terapia psicofarmacologica sono:
La totale assenza di farmaci in grado di trattare la dipendenza da sostanze quali ad esempio la cocaina La difficoltà o in alcuni casi l'impossibilità di utilizzare antidepressivi per la presenza di intolleranza o di inefficacia dei farmaci utilizzati.
Il concorso di malattie di altri apparati che controindicano l'impiego dei medicamenti.
L' imprescindibile convinzione personale di alcune persone, contraria all'uso dei farmaci.
L'eventuale preferenza della TMS da parte del paziente può essere attribuita alla non -invasività di questo tipo di trattamento, al suo essere indolore e praticabile anche ambulatoriamente senza incidere sulle prestazioni cognitive e sull'organizzazione di vita del paziente, al non richiedere esami di laboratorio preliminari e periodici di controllo.
Per contro non dobbiamo trascurare il fatto che la stimolazione magnetica non solo e' compatibile con psicofarmacoterapia e psicoterapia ma e' in grado di potenziare l'efficacia di tali importanti strumenti di cura.